网络邻近度

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计算结果

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使用说明

邻近度计算时需要提供“药物-靶点”和“疾病-基因文件”，两文件分别给出了药物及其靶点、疾病及其基因的对应关系。

文件内容至少包含如下两列：

药物-靶点文件

chemical,symbol,entrez_id
lepirudin,F2,2147
cetuximab,C1QA,712
cetuximab,C1QB,713
cetuximab,EGFR,1956
denileukin diftitox,IL2RA,3559
...
疾病-基因文件

disease,entrez_id,symbol
abdominal pelvic pain,1128,CHRM1
abnormal micturition,1128,CHRM1
mild neurocognitive disorder,148,ADRA1A
pain,148,ADRA1A
post-traumatic stress disorder,148,ADRA1A
prostate cancer,148,ADRA1A
...

需要特别注意的有：

药物-靶点文件、疾病-基因文件两列之间由半角逗号（英文逗号）隔开
药物-靶点文件第一行需包含chemical,entrez_id（symbol一列可无）
疾病-基因文件第一行需包含disease,entrez_id（symbol一列可无）
两文件中entrez_id为基因ID（一串数字，如1386），如 NCBI 网站Gene数据库中Gene ID所示
药物、疾病名称为字符串，为避免同一药物或疾病被认为是不同药物或疾病，请将药物、疾病名统一为小写字母表示
请注意检查药物、疾病名是否统一，前后是否有空格，是否含有有特殊（非ASCII）字符
药物、疾病名称中若有逗号，请用半角双引号括起名称，如"1,4-dithiothreitol"

References

主要参考文献

GUNEY E, MENCHE J, VIDAL M, et al. Network-based in silico drug efficacy screening [J]. Nature Communications, 2016, 7(1): 10331.

请输入药物-靶点文件

请输入疾病-基因文件

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药物-靶点文件

疾病-基因文件

需要特别注意的有：

References